Eine 100-prozentige Gegenprüfung der Bewilligungen wäre unwirtschaftlich und würde Personalkapazitäten binden. Daher bildet in OK.WOBIS eine Zufallsauswahl von mindestens fünf Prozent aller Fälle die Grundlage für die vom Gesetzgeber geforderte Stichprobenprüfung.
Die genaue Menge der Stichprobenfälle ist dabei in OK.WOBIS individuell einstellbar. OK.WOBIS prüft nicht nur Neubewilligungen, sondern auch Fälle mit Änderungen der Wohngeldhöhe oder Vorschussbuchungen. Verschiedene Fallparameter lassen sich für die Stichprobenauswahl zusätzlich vorgeben – z. B. Fälle mit einer Änderung der Bankverbindung oder Fälle, bei denen ein bestimmter Wohngeldbetrag überschritten wird.
Lediglich der Vorgesetzte oder dessen Stellvertreter können die Stichprobenfälle genehmigen. Diese Personen lassen sich einmalig in den Stammdaten von OK.WOBIS hinterlegen und besitzen in Folge die Rechte, die zu prüfenden Wohngeldzahlungen zu genehmigen. Zentrale Prüfroutinen sorgen dafür, dass wöchentliche bzw. monatliche Auszahlungsläufe für Wohngeldzahlungen in einer Verwaltung nur dann durchgeführt werden können, wenn vorab die notwendige Stichprobenprüfung stattfand. Hat der Vorgesetzte die Stichprobenfälle genehmigt, gehen sie mit in den Zahlungslauf. Erfolgt in einem Fall keine Genehmigung, so wird dieser zurückgehalten, alle übrigen Fälle zahlt OK.WOBIS trotzdem aus.
Über die Hälfte aller bayerischen OK.WOBIS-Anwender arbeiten bereits erfolgreich in der Praxis mit dem Modul Stichprobenprüfung/Vier-Augen-Prinzip. Andrea Meckl von der Wohngeldstelle des Landratsamts Amberg-Sulzbach dazu: "Die Stichprobenprüfung mit OK.WOBIS klappt reibungslos, wir sind damit sehr zufrieden."